Ce type représente la très grande majorité des cas (95 %) de FSHD.
Ce type est du à une anomalie génétique située sur le chromosome 4 et à un relâchement de la chromatine (structure au sein de laquelle l'ADN se trouve compacté) et à une hypométhylation de l'ADN.
Une première anomalie génétique a été localisée en 1990 sur l’extrémité du bras long du chromosome 4 (dans une région appelée 4q35). Cette anomalie rencontrée dans environ 95% des familles est dénommée FSHD1.
Chez les individus sains, le nombre de répétitions de ce fragment est entre 11 et 100 alors qu’il est diminué (entre 1 et 10 répétitions) chez les personnes atteintes de dystrophie FSH. Cependant, cette anomalie n’est à l’origine de la maladie que si elle est associée à une autre particularité génétique sur le chromosome 4. Sur ce chromosome, il existe une petite région voisine de la répétition D4Z4, dont la répétition de bases A, T, G et C (la séquence) existe sous deux formes dans la population générale. Ces répétitions qu’on appelle des variants sont nommées 4qA et 4qB. Les personnes atteintes de la dystrophie FSH semblent avoir exclusivement le variant 4qA. Les personnes qui ont un réseau D4Z4 raccourci avec un variant 4qB ne sont pas affectées.
Aucun gène n’a été identifié avec certitude comme étant responsable de cette myopathie et il semblerait plutôt que différents facteurs soient impliqués. Le mécanisme le plus admis actuellement est que le raccourcissement de la région D4Z4, en modifiant l’environnement de gènes situés parfois très loin de la zone D4Z4, perturberait la lecture de ces gènes et donc la production de certaines protéines. C’est ce qu’on appelle l’effet de position.
La gravité de la maladie semble pouvoir être inversement corrélée au nombre de répétitions de la séquence D4Z4, mais ne permet pas un pronostic.